进入荒海密室的关键在于完成前置任务神樱大祓。首先需要传送到荒海的陆地传送点，找到中间大树旁的四根雷元素方碑，按特定顺序点亮它们。点亮后启动井边的机关，跳入井中即可进入地下区域。井底有三个小狐狸雕像，使用任务道具留念镜照射后会出现隐藏机关，启动机关后雷种子会解锁，记得拾取雷种子穿过结界。
进入结界后，用雷元素攻击大狐狸雕像获取镇物，随后向鸟居方向前进放置镇物。放置顺序需要留意周围环境提示，部分位置需用留念镜照射小狐狸才能解锁。完成祝祷后需要击败出现的敌人，荒海地下区域的入口会完全打开。如果水位未下降，记得检查是否遗漏了井底的机关互动。
密室内部有多个解谜环节，包括方块机关和仙灵引导。第一个方块机关需要让所有图标朝向同一方向，初始状态下攻击左上角两次、中间两次即可解开。跟随仙灵可打开通往第二层的石门，其中一个仙灵在雷樱树根左侧洞穴内。水位下降后，游到尽头会发现五个并排的方块机关，攻击中间方碑两次即可解锁宝箱和通道。
最后一段路会遇见恒常机关阵列和秘境千门虚舟。秘境解锁需要完成地砖谜题，规则是走完所有地砖且不重复踩踏。完成后启动机关即可进入荒海密室核心区域，获取宝箱和奖励。整个过程注意携带雷元素角色和留念镜，避免反复跑图。如果中途卡关，可以退出游戏重进重置机关状态。
