玩家可以捕捉多种传说中的神兽，包括火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟三神鸟，以及超梦、梦幻、洛奇亚等稀有精灵。这些神兽分布在地图特定位置，部分需要完成解谜或剧情才能触发捕捉条件。
火焰鸟位于1号岛灯火山顶部，需使用怪力术推动岩石解开路径。该神兽等级为50级，技能包含火焰漩涡与火焰喷射，建议携带水属性宝可梦进行克制。闪电鸟栖息于无人发电厂深处，等级同为50级，拥有电磁波与高速移动技能，电系抗性较高的地面系精灵可有效应对。急冻鸟则藏匿于双子岛瀑布后方，需按特定顺序推石堵住水流才能进入洞穴，其冰系技能具备强力控制效果。
超梦作为游戏中最强神兽之一，出现在华蓝洞窟最底层，等级高达70级。捕捉前需掌握冲浪与攀瀑技能以穿越复杂地形，建议队伍平均等级达到60级以上。梦幻需通过特殊活动触发，在幽灵塔顶端或特定岛屿随机出现，其高机动性与多样技能组合增加了捕捉难度。洛奇亚和凤王分别位于7号岛右侧下楼区域与左侧上楼区域，均需持有船票才能抵达。
其他稀有神兽包括冰神柱、雷公、炎帝等。冰神柱在双子岛滑冰场通过撞击岩石触发出现，雷公需击败四大天王后在关东地区草丛随机遭遇，炎帝则出现在1号岛火焰山地下洞穴。代欧奇希斯需在9号岛完成拼图挑战后现身，吉拉奇长期占据幽灵塔顶层，需突破多重机关才能接触。
提升捕捉成功率需合理运用状态异常技能。将目标HP削弱至红色状态后，使用睡眠或麻痹效果可使捕获率提升3倍。大师球能确保100%捕获率但数量有限，超级球与高级球更适合常规使用。队伍中建议配备会使用点到为止技能的精灵，避免意外击倒神兽。黄金喷雾可降低野外遇敌概率，集中精力应对目标神兽。
神兽的个体值与技能组合存在随机性，反复存档读取可优化捕获结果。部分神兽如急冻鸟携带的冰冻光束、火焰鸟的燃烧殆尽等专属技能，需在战斗前做好针对性防御准备。完成全神兽收集后，可前往对战开拓区测试阵容强度，但需注意联赛禁止使用传说级宝可梦的规则限制。
